Sous le régime autoritaire du National-Socialisme et pendant la deuxième guerre mondiale, la communauté conventuelle de l’abbaye devra supporter de lourdes épreuves. Dès mai 1941, l’abbesse Regintrudis Sauter fait aménager une partie de l’abbaye en hôpital et y met à la disposition de la Wehrmacht 20 sœurs pour s’occuper des blessés et du travail administratif, dans l’espoir d’éviter ainsi la dissolution de l’abbaye. Sa demande ne sera pas exaucée puisque le 2 juillet 1941, jour du 41ème anniversaire de la fondation, les 115 religieuses seront expulsées par la police secrète de l’état (la Gestapo). L’abbaye sera saisie, les biens confisqués.

Une grande partie de la communauté est alors recueillie dans différentes oeuvres caritatives, notamment dans les Congrégations de Waldbreitbach et de Dernbach ainsi que chez les Borroméennes à Bingen. Pendant la guerre, les sœurs d’Eibingen vont travailler dans des hôpitaux et dans d’autres endroits. Une petite partie de la communauté d’Eibingen est restée à l’abbaye, au service de la Croix-Rouge pour soigner plus d’une centaine de blessés et assumer les tâches journalières de l’hôpital. En novembre 1944, des bombardements détruisent une grande partie de la ville de Rüdesheim. L’abbaye est épargnée. Mais la destruction de l’hôpital militaire central d’Eibingen et de sa salle d’opération l’oblige d’urgence à augmenter le nombre de lits à 325. Quelques semaines avant la fin de la guerre, le 19 mars 1945, l’hôpital est fermé. Quelques jours plus tard, les troupes américaines entrent dans Rüdesheim. L’abbaye sera vite restituée aux sœurs. Pendant 10 ans, une partie des bâtiments sera aménagée pour héberger les personnes plus âgées, sans abri après les bombardements de la ville ainsi que des réfugiés venus de l’Est.